サイモントン療法の裏付けとなる精神神経免疫学と、クーエの方法につながる潜在意識の理論は、学問的には必ずしも関連づけられていない。この点に関して幸福の科学の考えはこうだ。

　「フロイトやユング、アドラーなどが、すべてを説き切ることができなかったことを、幸福の科学は明確に説き切っています。『人間は、肉体を超えた偉大な世界のなかの存在であり、そして、偉大な可能性を持った、精神的な部分のある存在なのだ』と考えることができたならば、そこから無限の可能性が開かれてきます。肉体の健康も、やはり同じです。『健康な体をつくろう』と思えば、自分自身の肉体のなかからも、協力する力が現れてくるのです」

　人間の心に表面意識と潜在意識があることは心理学でもわかっている。幸福の科学はさらに、この潜在意識が個々人の肉体を超えた広大な精神世界（霊界）とつながっており、本人の守護・指導霊や、医療系の天使・神々ともつながっていることを明らかにしている。そういった存在も含めての「潜在意識」なのだ。

　人間の体は日々さまざまな細胞をつくり、あらゆる部分を更新し続けている。それを司っているのが私たちの潜在意識の働きだ。だから、「健康になろう」という思いが心の奥の潜在意識にまで浸透すると、その命令を受けて体の各部分が病気と闘い、強い体につくり替えようとし始めるのである。

　最大のポイントは、潜在意識は大きなタンカーのようにゆっくり方向を変えて動くので、その動きをコントロールしようと思ったら、常に同じ方向の思いを一定の期間、繰り返し出し続ける必要があること。三日坊主では効果は期待できない。

　あなた自身の秘められた力であり、見えない世界のヒーリング･パワーの根源である潜在意識の働きを強く信じ、明るく積極的な思いを発信し続ければ、体の不具合や不調、病気などは必ず善転していくだろう。

　肉体の病変は、幽体が病んで黒ずみ、異変が出て、それが肉体に現れてくるのです。病気を治療するには、外から肉体を治療するやり方もあるが、内側から治すことも可能です。 そのやり方は、「自分の中には神仏の子としての輝いている部分があるので、この光の部分が霊体の外の病んでいる所を修復できる。」と強く念うと治るのです。つまり幽体の修復が終わると肉体が治ります。 この世的な事で体が具合が悪くなることも、勿論ある。物質的な原因による病気や事故などがあるが、この世のルールとして多少なりとも肉体に変更を加えて治すこともある。 例えば、肥満ならカロリー摂取を減らせばいいし、タバコの吸い過ぎで肺がんになったら、タバコをやめれば治る可能性は高い。 しかし、肉体が車みたいなものであって、変わらないという考えは捨てないと、宗教パワーで病気を治しづらい。 人間の本体は霊体で、霊体の影響で肉体が変化してくるという考え方が真実である。本来は、地上を去った世界で、自由自在の姿をとっており、創造性に満ちた生き方をしている。 心のあり方を通して、体のあり方も変わってくる。天台大師の一念三千のようなものです。医者の言っていることも大まかには間違っているわけではないが、「絶対治らない」とか「一生治らない」というのは間違っていることが多い。 人間は、考え方によって人生を変えることが出来る。良いほうにも悪いほうにも創造できる。悪い方の「創造」が病気の元になっている。精神的ショックや自己処罰の概念、自分をあまりにもいじめる気持が、潜在意識に沈殿して病気になることがある。それに気づいたなら、念いの修正をかけていくことです。 また、特定の人を恨みすぎていると病気になるし、相手から恨まれたり嫌われることで病気になることもある。生霊（生きている人間の念の力）がやってきて憑依（霊が取り付くこと）している。生霊は現代にもいることはいる。 生霊の正体は、守護霊に、本人自身の強い念が合体して取りついてくるもの。相手に執着したり、攻撃する念い、嫌う念いや、相手を首にしたいとか「飛ばしてしまえ」とか「死んでしまえ」などといった念いがへばりついてくる。

　病気の原因は、肉体的だけではなく、人間関係や思いで起きているものもあるので、そういうものが内部にあったら取り除くことです。

　仏教で「色心不二」と言うように、肉体(色)と心は互いに影響しあっている。競争社会であり情報過多で忙しい現代では、頭や気持ちや心の疲れが体の疲れに結びついていることが多い。